Syndromic diagnosis in the selected systemic infections
Sławomir Słabisz
Forum Zakażeń 2022;13(5):173–180
Diagnostyka sydromiczna w wybranych zakażeniach układowych
ORCID: 0000-0002-8499-3657
Laboratorium Mikrobiologiczne i Analiz Medycznych LABO,
ul. Paderewskiego 4j, 56-400 Oleśnica,
e-mail: kontakt@labo-olesnica.pl
Wpłynęło: 03.10.2022
Zaakceptowano: 14.10.2022
DOI: dx.doi.org/10.15374/FZ2022025
Forum Zakażeń 2022;13(5):173–180
Streszczenie: Zakażenia układu pokarmowego, oddechowego oraz centralnego układu nerwowego charakteryzują się odmienną specyfiką patogenów wywołujących te infekcje. Duża różnorodność prawdopodobnych drobnoustrojów stwarza wyzwanie dla procesu diagnostycznego, który powinien być możliwie jak najszybszy i najdokładniejszy. Kluczową rolę w podjęciu optymalnych decyzji terapeutycznych odgrywa czas uzyskania wyniku badania mikrobiologicznego. Zbyt długi czas uzyskania wyniku bądź błędna diagnoza może przekładać się bezpośrednio na zwiększenie śmiertelności i wydłużenie rekonwalescencji pacjenta, wynikających z niewłaściwego bądź opóźnionego wdrożenia leczenia przeciwdrobnoustrojowego. Pomimo iż w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej konwencjonalna hodowla pozostaje dalej złotym standardem, coraz większe znaczenie mają nowoczesne systemy paneli syndromicznych, tzw. „Syndromic Testing”, bazujące na różnych technikach genetycznych (np. PCR, multiplex PCR, LAMP). Panele te umożliwiają identyfikację szerokiego zakresu patogenów oraz pozwalają na wykrycie genów determinujących oporność na antybiotyki. W zależności od specyfiki infekcji specjaliści mają do dyspozycji różne panele diagnostyczne, jak: panel oddechowy, panel gastroenterologiczny oraz panel zakażenia centralnego układu nerwowego (CUN) i zakażenia mózgu. Materiałem do badania w diagnostyce tych zakażeń są najczęściej plwocina, popłuczyny pęcherzykowo-oskrzelowe, aspirat tchawiczy, próbki kału oraz płyn mózgowo-rdzeniowy. Dzięki zastosowaniu nowoczesnych metod biologii molekularnej czas uzyskania takiego wyniku wynosi od 45 min. do 2h. Testowanie syndromiczne skraca znacznie czas uzyskania wyniku czynnika etiologicznego infekcji, co pozwala na szybszą reakcję personelu medycznego, a tym samym szybszą eskalację lub deeskalację wdrożonej terapii empirycznej. W praktyce odpowiednio zastosowany i zinterpretowany wynik panelu syndromicznego pozwala uzyskać lepsze efekty kliniczne oraz ekonomiczne leczenia zakażeń.
Słowa kluczowe: diagnostyka molekularna, diagnostyka zakażeń centralnego układu nerwowego, układu oddechowego oraz układu pokarmowego, panele syndromiczne, zakażenia mózgu
Abstract: Infections of the digestive, respiratory and central nervous systems are characterized by a different specificity of the pathogens causing these infections. The great diversity of these infections presents a challenge for the diagnostic process, which should be as quick and accurate as possible. The time of obtaining the microbiological test results plays a key role in establishing optimal therapeutic decisions. Excessive time to obtain the results, or an incorrect diagnosis may contribute to an increase in mortality and prolonged convalescence of the patient, resulting from inappropriate or delayed implementation of antimicrobial treatment. Although conventional culture remains the gold standard in routine microbiological diagnostics, modern syndromic panel systems, also referred to as “Syndromic Testing” based on various genetic techniques (e.g. PCR, multiplex PCR, LAMP) are increasingly important. These panels facilitate the identification of a wide range of pathogens and allow for the detection of genes which determine antibiotic resistance. Depending on the specificity of the infection, different diagnostic panels are available, such as respiratory panel, gastroenterological panel, central nervous system (CNS) infection and brain infections panel. The test material is usually sputum, alveolar-bronchial lavage, tracheal aspirate, stool samples and cerebrospinal fluid. Using modern methods of molecular biology, the time to obtain such a result ranges from 45 minutes to 2 hours. Syndromic testing significantly shortens the time to obtain the result of the etiological agent of infection, allowing a quicker response of medical professionals, and thus faster escalation or de-escalation of the implemented empirical therapy. In practice, properly applied and interpreted syndromic panel results facilitates better clinical as well as economic outcomes of the treatment.
Key words: brain infections, diagnostics of respiratory, digestive and central nervous system infections, molecular diagnostics, syndromic panels
