Molecular methods useful in the diagnosis of bloodstream infections
Natalia Słabisz
Forum Zakażeń 2022;13(3):105–110
Metody molekularne przydatne w diagnostyce zakażeń łożyska naczyniowego
ORCID: 0000-0002-9672-6011
4. Wojskowy Szpital Kliniczny z Polikliniką SP ZOZ,
ul. Rudolfa Weigla 5, 50-981 Wrocław,
e-mail: nslabisz@4wsk.pl
Wpłynęło: 27.05.2022
Zaakceptowano: 09.06.2022
DOI: dx.doi.org/10.15374/FZ2022012
Forum Zakażeń 2022;13(3):105–110
Streszczenie: Zakażenia łożyska naczyniowego obarczone są wysoką śmiertelnością, często wynikającą z opóźnionego lub niewłaściwego wdrożenia leczenia przeciwdrobnoustrojowego. Kluczową rolę w podjęciu optymalnych decyzji terapeutycznych odgrywa czas uzyskania wyniku badania mikrobiologicznego. Chociaż klasyczne posiewy krwi pozostają złotym standardem, coraz większe znaczenie w nowoczesnej mikrobiologii klinicznej przypisuje się metodom z zakresu biologii molekularnej. Dostępne obecnie komercyjne testy przeznaczone do diagnostyki zakażeń krwi bazują na różnych technikach genetycznych (np. FISH, PCR, multiplex PCR, LAMP), a niekiedy również na zaawansowanych metodach fenotypowych (np. zautomatyzowana mikroskopia). Oprócz identyfikacji drobnoustroju, umożliwiają one wykrycie genów determinujących oporność na antybiotyki lub określenie wartości MIC antybiotyku. Materiałem badanym najczęściej są podłoża z dodatnich posiewów krwi, rzadziej krew pełna pacjenta (bez konieczności jej wcześniejszej inkubacji). Czas wykonania testu wynosi od 20 minut do 5–7 godzin. Metody molekularne umożliwiają skrócenie czasu oczekiwania na ustalenie czynnika etiologicznego zagrażających życiu zakażeń krwi, a tym samym, w razie potrzeby, szybszą eskalację lub deeskalację wdrożonej terapii empirycznej. W praktyce wykorzystanie metod molekularnych przynosi największe korzyści, jeśli jest stosowane w połączeniu z zasadami szpitalnej polityki antybiotykowej, a uzyskane wyniki są właściwie interpretowane i prowadzą do podejmowania odpowiednich decyzji terapeutycznych.
Słowa kluczowe: bakteriemia, diagnostyka zakażeń łożyska naczyniowego, identyfikacja drobnoustrojów w próbkach krwi, metody molekularne
Abstract: Bloodstream infections are associated with high mortality, frequently connected with delayed or inadequate implementation of antimicrobial therapy. Furthermore, the timing of of the microbiological tests plays a key role in determining optimal therapeutic decisions. Although conventional blood culture remains the gold diagnostic standard, molecular methods play an increasingly important role in modern clinical microbiology. The currently available commercial tests for the diagnosis of bloodstream infections are based on various genetic techniques (e.g., FISH, PCR, multiplex PCR, LAMP), as well as advanced phenotypic methods (e.g. automated microscopy). In addition to the identification of the microorganism, they also allow for the detection of antibiotic resistance genes, or for the determination of the antibiotic MIC values. The material tested is either a positive blood culture medium, or less commonly – the patient’s whole blood (without prior incubation). Testing times range from 20 minutes to 5-7 hours. Molecular methods facilitate a reduction in the time required to identify etiologic factor of life-threatening blood infections, and, thus, if necessary, allow for a faster escalation or de-escalation of the implemented empirical therapy. In practice, the use of molecular methods is most beneficial if it is used in conjunction with an antimicrobial stewardship program, and the obtained results are properly interpreted and lead to appropriate therapeutic decisions.
Key words: bacteremia, diagnostics of bloodstream infections, microbial identification in blood samples, molecular methods
